Pada tahun 1987, Program Studi (PS) Pendidikan Matematika didirikan di bawah Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA) dan FMIPA berada di bawah Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Muhammadiyah Purwokerto (UMP). Pada bulan Juli 1995, IKIP Muhammadiyah Purwokerto berubah menjadi Universitas Muhammadiyah Purwokerto dengan salah satu fakultasnya adalah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) dan Pendidikan Matematika menjadi salah satu PS yang menjadi bagian dari FKIP.